本产品是含有改良型KOD DNA聚合酶(UKOD)的PCR用2×预混液(Master Mix)。
通过在具有高保真性和扩增效率的改良型KOD DNA聚合酶(UKOD)中添加延伸加速剂(extension accelerator),在保持高保真性的同时,实现了对10 kb以上靶标也能以10秒/kb的延伸时间进行高速PCR。本试剂最适合用于长读长测序(long-read sequencing)的长片段靶标扩增,具有极高的成功率。同时也可适用于从粗样品(crude samples)中进行扩增。
本产品混合了两种单克隆抗体,可分别抑制聚合酶活性和3'→5'外切酶活性,因此能够进行高特异性热启动PCR(Hot start PCR)。
● 最适合长读长测序的长片段靶标扩增
以人基因组DNA为模板,可实现约50 kb的扩增。即使是长片段靶标也能快速且准确地扩增,因此最适合用于长读长测序的模板扩增。
● 高速PCR
对于1~10 kb的靶标,可以实现每1 kb延伸5秒的扩增。对于10 kb以上的靶标也能以每kb延伸10秒的条件进行高速PCR,大幅缩短PCR反应时间。由于也可以设置较长的延伸时间,因此可以在同一循环程序中扩增各种不同长度的靶标。
● 高保真性
具有约Taq DNA聚合酶80倍的保真性(与KOD-Plus系列同等)。扩增产物可用于克隆等多种用途。
● 可扩增GC富集、AT富集的靶标
不依赖靶标序列即可进行扩增。本产品由于能够实现低偏差且高速的扩增,因此也最适合用于长读长文库的扩增。
● 可从粗样品中直接扩增
通过添加延伸加速剂,提高了扩增的可靠性。无需从含有PCR抑制物质的粗样品(生物样品、土壤、食品等)中纯化核酸,即可直接扩增目的基因。
1. 通过高速PCR扩增长片段靶标(~47.5 kb)

使用KOD Long PCR Master Mix,以人基因组DNA为模板,对1~47.5 kb的靶标进行了扩增。
结果显示,使用本产品可成功检出所有长达47.5 kb的长片段靶标的扩增产物。
2. PCR产物的长读长测序分

对实施例1中扩增的47.5 kb PCR产物进行纯化后,使用Ligation sequencing DNA V14(货号:SQK-LSK114;Oxford Nanopore Technologies),按照推荐方案制备了长读长测序用文库。
所得文库使用Flongle™ Flow Cell(R10.4.1)(货号:FLO-FLG114;Oxford Nanopore Technologies)进行长读长测序。
结果显示,获得了覆盖47.5 kb全长的读段(reads),确认了目标序列已被正确扩增。
【KML-101】
Master Mix 1mL×5支
灭菌蒸馏水X μl
KOD Long PCR Master Mix25μl
Primer(5μM each)1.5μl
Template DNAY
Genomic DNA ~200ng
Plasmid DNA ~50ng
cDNA ~750ng(RNA相当量)
生物试剂・粗提液~ 5uL
〈3步法循环〉*
94°C,1min.
↓
98°C,10sec.
Tm-5°C, 5sec.
68°C, 5~10sec./kb 25~45 cycles
延伸时间请根据片段长度进行设定
1~10 kb:5 sec./kb
10 kb~:10 sec./kb
〈2步法循环〉*
94°C,1min.
↓
98°C,10sec.
68°C,5~10sec./kb 25~45 cycles
延伸时间请根据片段长度进行设定:
1~10 kb:5 sec./kb
10 kb~:10 sec./kb
关于保存
已确认反复冻融20次左右不会影响产品质量。
短期(1个月以内)可置于2~8°C保存。
关于引物
请尽量使用约25~35mer(Tm值>65°C)的引物。
将GC含量设定为45~60%,并通过设计使5'端一半的GC含量为60~70%、3端一半的GC含量为40~50%,可提高扩增特异性。
*引物Tm值的计算采用最近邻碱基对法(Nearest Neighbor method)。引物 Tm值计算表(Excel)可从下载。含次黄嘌呤(Inosine)的引物无法用此方法计算Tm值。