●PCR
KOD FLEX™ PCR预混液是一款适用于高效率、高成功率PCR反应的2×预混液。其通过采用改构型KOD DNA聚合酶(UKOD)、延伸加速剂及自主优化的缓冲体系,能够实现难扩增靶标的高效、低偏倚扩增。
无论是难扩增的高GC/AT含量靶标、长片段靶标,还是特异性扩增困难的靶标,均可实现高效扩增。此外,即使是从生物样本等粗制样本中也能进行有效扩增。
该产品保真度约为Taq DNA聚合酶的11倍,因此获得的扩增产物不仅可用于通过克隆的传统测序分析,还具有不易受因序列或扩增片段大小等因素导致的扩增偏倚影响的特性,适用于二代测序中的文库扩增。
本预混液中所含的酶经两种抑制聚合酶活性和3’→5’外切酶活性的单克隆抗体混合处理,可简便实现高特异性的热启动PCR反应。
● 高成功率&优异的长片段扩增性能
● 可对应粗样本
● 均一扩增(低偏差)
● 高保真性
● 可扩增含非常规碱基(如尿嘧啶、肌苷)的模板/引物
1.长链片段扩增
以人类基因组 DNA 为模板进行长链片段扩增。其他厂商的产品则按各自的推荐条件进行操作。
结果证实,使用 KOD FLEX™ PCR Master Mix可以扩展40 kb的超长片段。
2. 扩增高GC/AT目的片段
以人类基因组为模板,扩增了GC含量约为70%的高GC区域,以及GC含量约为30%的高AT区域。其他厂商的产品则按各自的推荐条件进行操作。
结果表明,使用KOD FLEX™ PCR Master Mix,无论是高GC区域还是高AT区域,都能观察到稳定的扩增。
【KMX-101】
Master Mix 1mL×5支
灭菌蒸馏水X μl
KOD FLEX PCR Master Mix25μl
Primer(10μM each)1.5μl
Template DNAY
Genomic DNA ~200ng
Plasmid DNA ~50ng
cDNA ~200ng(RNA相当量)
5μl生物样本・粗提液~
由于样本不同,其制备方法和PCR循环参数会有所差异,详细内容请参阅操作手册。
PCR产物的克隆
该酶的PCR产物经末端平滑化处理,可直接用于平末端克隆。若载体经脱磷酸化处理(防止自连),则需使用经磷酸化处理的PCR产物,或采用5'端磷酸化修饰的引物扩增的PCR产物。需注意:因产物已被平滑化,无法直接进行TA克隆(TA克隆依赖3'A突出端与载体互补配对)。使用专用高效TA克隆试剂盒「TArget Clone™ -Plus-」可实现简便高效的TA克隆。
引物设计
尽可能使用22~35 bp长度(Tm值>60℃)的引物(长链靶标推荐25~35 bp,Tm值>65℃)。GC含量设为45~60%,5'端区域GC含量设计为60~70%,3'端区域为40~50%,以提高扩增特异性。3'末端优先以G或C结尾可增强引物结合效率,但需避免3'端区域GC过度聚集,否则易导致拖尾或非特异性条带。
备注
引物Tm值采用最近邻法(Nearest Neighbor method)计算。含肌苷的引物无法通过此方法计算Tm值。